Auto-interview : master bioinfo !

16 février 2021
Fabien
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Catégories : Campus, Études

La saison de choix des masters approchant, j’ai décidé de m’auto-interviewer pour vous présenter le master d’où je viens, histoire que vous puissiez faire vos choix en conscience. 

Vous pouvez retrouver les autres interviews des masters ici : 

A qui s’adresse le master bioinfo ? 

Dans l’absolu, à toutes les personnes sortant d’une licence de Lyon 1 (et d’ailleurs) recoupant une partie des notions abordées, donc info bien entendu, mais aussi biochimie et biologie moléculaire. Personnellement, j’y suis rentré après une licence de génétique et biologie cellulaire. Si vous êtes un L1, sachez que vous pouvez choisir la licence BISM (Bio-informatique, statistique et modélisation : Fiche Parcours : Offre de formation (univ-lyon1.fr)) pour avoir le parcours le plus “logique”. 

Qu’est-ce qu’on y apprend ? 

La bioinformatique est un peu une discipline d’interface entre le monde merveilleux de la biologie et son infinité de nuances et la logique froide et formelle d’un algorithme. Ce qui explique qu’on aboutisse finalement à une formation assez diverse et surtout très intense. 

Vous aurez ainsi, en première année, une UE sur 15 jours pour vous donner l’occasion d’acquérir les bases qui vous manqueraient dans certains domaines : manipulation de Linux (vous allez enfin découvrir à quoi servent les Fedora installés dans les salles info !!), modélisation de protéines (comment partir d’une séquence protéique et arriver à un modèle 3D), maths (opérations sur les matrices le premier jour du M1, ça surprend quand on a fait spé SVT), enzymologie et biochimie. 

Une fois ces joyeusetés terminées, vous aurez un peu de tout ça dans des UEs complètes, à laquelle s’ajoute l’UE projet. Vous passerez vos jeudis et vendredis (et plus que ça très probablement) à travailler cette dernière et ce, dès le moment où ils vous seront attribués. Il s’agit d’aider le plus souvent un.e chercheur·euse dans sa recherche en gérant la partie bioinfo de son projet. Pour vous donner une idée, j’ai eu par exemple à – tenter – d’assembler le génome d’une grégarine, à réaliser un pipeline d’assemblage et d’annotation automatique de séquences bactériennes, et à réaliser une table d’orthologues de gènes humains au niveau des tétrapodes pour pouvoir analyser leur taux de nucléotides GC. 

Un petit exemple de ce qu’on a rendu comme projet au S2 du M1 :)

A réaliser en équipe pendant une bonne partie du semestre, vous apprendrez à la fois le travail en groupe et une vision assez concrète de la bioinformatique, en plus d’acquérir de nombreuses compétences utiles pour vos stages. Et vous perdrez beaucoup en tranquillité, aussi, mais bon ! (coucou moi qui corrigeait ses scripts d’assemblage à minuit en pleine soirée) 

Des stages ? Quand, comment ? 

Vous aurez deux stages à réaliser : un en M1, d’une durée de deux mois, et un en M2, d’une durée de 5 mois et demi (idéalement). Vous aurez à votre disposition une base assez garnie de propositions, avec la chance d’être dans une discipline assez demandée, surtout si vous parvenez à avoir de bonnes notes.

J’espère que vous aimez le langage R (sinon vous apprendrez)

Et en parlant de ça, c’est difficile ? 

Oui. Clairement. Pas de doute possible. Notamment, vous devez être apte à apprendre très vite : l’UE Bases pour la bioinformatique, bien que partant d’une bonne idée, est insuffisante pour vous donner un vrai socle de connaissances si vous partez de zéro dans un domaine : par exemple, si vous venez d’info, en biochimie, ou si vous venez de bio, en info. 

Préparez-vous en amont, en faisant notamment des tutoriels de Python (si vous venez de bio, sur OpenClassrooms : Démarrez votre projet avec Python – OpenClassrooms) et inversement, des tutoriels de bio si vous venez d’info (vous en trouverez sur Unisciel : Parcours Sciences de la Vie | La Licence Type (unisciel.fr)). 

Quelques liens et ouvrages sont dispo sur le site du master (BIOINFO@LYON – Master Bioinfo@Lyon (Université Lyon 1) (bioinfo-lyon.fr)), si vous voulez. Si vous n’avez jamais programmé (les TP R de L2 ne comptent pas, pas plus que l’algo de terminale), visez peut-être même un langage plus “complexe” comme le C++, histoire de vous donner des bases en béton sur les grands principes sous-jacents dans les langages, qui sont cachés dans python mais qui du coup handicapent la compréhension. 

De plus, vous devez être prêt·e à bosser beaucoup et pendant d’assez longues périodes. C’était une perturbation à moitié due au Covid mais sur notre M2, on a eu des cours en même temps que des contrôles terminaux. 

C’est intéressant, quand même ? 

Clairement ! Le bon côté de ce condensé d’informations sur 2 ans, c’est que vous sortirez avec un excellent socle de connaissances qui devrait rendre votre entrée dans le monde du travail ou de la recherche bien plus facile. Notamment, les UEs Projet sont très efficaces pour vous former au travail en équipe en plus de vous permettre d’aborder une large gamme de technos récentes. 

Plus, étant dans une petite promo de 25 personnes environ, vous ne serez pas trop perdu·e·s dans la masse et – pourvu que la pandémie actuelle nous lâche – pourrez aisément sociabiliser avec vos petit·e·s camarades. 

Vous avez aussi la possibilité de personnaliser votre formation en M2, avec un bon choix d’UE optionnelles tant en bio qu’en info, bien que certaines soient piégées (incompatibles avec d’autres, recoupant un peu trop certaines UE obligatoires).

En conclusion… 

Si vous avez des questions, je suis à votre disposition ! N’hésitez pas à écrire dans les commentaires ou à nous demander sur un de nos nombreux RS, la team (fort compétente) qui les gère me transmettra.

Fabien Sassolas

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